2000. július 1-jével a Fővárosi Önkormányzat a XI. kerületi Széchenyi István Gimnázium, az V. kerületi Belvárosi Esti-Levelező Gimnázium és a Mechwart András Vasútközlekedési Szakközépiskola, Szakmunkásképző és Gimnázium gimnáziumi képzési feladatainak átvételére új iskolát hozott létre – a Budapest, XI. kerület, Rimaszombati út 2–4. (1118) szám alatti iskolaépületben, a volt Mechwart András Vasútközlekedési Szakközépiskola, Szakmunkásképző és Gimnázium helyén – Fővárosi Nappali és Esti Gimnázium néven.
Az első tanévben 19 nappali, 4 esti és 4 levelező tagozatos osztállyal indult meg az oktatás. Mindegyik iskola hozta hagyományait, pedagógiai elképzeléseit. Az egységes elvek kialakításának első fontos feladata volt az intézmény nevének meghatározása. A névválasztás egyben iránymutatás is, hiszen a legnagyobb magyar nevének felvétele példamutatást, erkölcsi tartást, elkötelezettséget jelent a magyarság és az európai értékek mellett. A Fővárosi Önkormányzat képviselőtestülete elfogadta az iskola tanári karának, diákságának és szülői szervezetének közös egyetértésben történő felterjesztését, és 2001. február 22-én megtartott ülésén jóváhagyta a Széchenyi István Gimnázium elnevezést.
A névfelvétel dátuma: 2001. április 27.